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Alcuni componenti della Missione Atlantide rimangono intrappolati nel crollo di un laboratorio di Michael mentre sono alla ricerca di Teyla; il Colonnello Carter conduce una missione di salvataggio, ignara che l'ibrido Wraith è ritornato nei paraggi avvisato dall'allarme scattato nel suo laboratorio.
Un organismo alieno provoca la momentanea incapacità della dottoressa di continuare il suo lavoro. La situazione si aggrava e la base di Atlantide viene sopraffatta da questo biopolimero trovato nel sangue della Keller dopo il suo ritorno dal pianeta dove Michael aveva il laboratorio di bioricerca. In cerca di una fonte di energia sempre più grande questa "pianta" riesce a collegarsi al condotto che porta allo ZPM, ma Sheppard risolverà la situazione.