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Grazie alla scoperta dell'uso del nono Chevron dello Stargate un team di esploratori raggiunge una nave disabitata chiamata Destiny, lanciata dagli Antichi milioni di anni prima in un viaggio esplorativo attraverso legalassie. Frutto di un esperimento iniziato ma mai completato, la Destiny ha il compito di seguire le tracce delle navi che l'hanno preceduta di un milione di anni, "seminando" gli Stargate nei pianeti di numerose galassie. Il gruppo di civili e scienziati raggiungono la Destiny per sfuggire da un attacco alla base segreta in cui si trovano. Molti di loro non sono addestrati per affrontare la situazione, a partire dal giovane Eli Wallace fino al giorno prima genio della matematica disoccupato e videogiocatore incallito che viveva a casa della madre. A complicare le cose l'impossibilità di tornare sulla Terra e di controllare l'astronave, guidata da una sorta di pilota automatico molto avanzato.